Эффективность молекулярных маркеров для анализа генетического разнообразия растений чая (СAMELLIA SINENSIS (L.) KUNTZE)

Геномные и транскриптомные технологии позволяют раскрыть фундаментальную основу наследования ценных признаков и повышают эффективность селекционного процесса. В настоящее время решение вопросов по селекции чая уже не может обойтись без применения биотехнологических и генетических инструментов. В результате их интеграции в селекционные программы уже достигнут определённый прогресс в получении новых сортов, превосходящих исходные не только по показателям продуктивности и качества, но и устойчивости к абиотическим факторам среды. В настоящем исследовании апробированы наборы праймеров и выявлены эффективные молекулярные маркеры (SSR, ISSR, SCoT) для анализа генетического разнообразия и генотипирования коллекции гермоплазмы чая ФИЦ CНЦ РАН. Из 36 SCoT-праймеров – 25 показали низкое качество амплификации и слабые размытые бэнды, впоследствии были исключены из анализа. Оставшиеся 11 SCoT-праймеров генерировали воспроизводимые результаты с чётким полиморфизмом и разрешающей способностью для генотипов чая. В коллекции сортов и мутантных форм чая средний уровень полиморфизма составил 55 %. Анализ генетических дистанций по SCoT-маркерам показал отсутствие чёткой кластеризации по признаку – размер листовой пластинки, что может говорить о наличие одной ветви родословной для генотипов группы ‘extralarge’ с возможной примесью ассамского подвида чая. Результаты проверки хлоропластных праймеров показали одинаковую длину амплифицированных фрагментов у китайской и ассамской разновидностей чая. Вместе с тем, по четырём хлоропластным праймерам (Chlo2, 5, 8, 17) выявлены различия по кривым плавления амплифицированных фрагментов. Наличие двух гаплотипов в коллекции чая показано тремя из этих маркеров, у которых ампликоны различаются по температуре плавления, а тепловые карты отражают присутствие двух различных групп в коллекции чая.